Согласна, у вас могут быть 2 фактора сразу: и смена наполнителя, и новое покрывало.
А еще - раз сходив, она чувствует запах и идет на него. Надо конкретно выводить спец средствами с ферментами из зоомагазина типа Nature«s Miracle Stain and Odor Remover.

Вам нужно кровать накрыть пленкой, на которую должен быть наклеян двухсторонний скотч. По такому покрытию кошка даже ходить не сможет, не то, что в туадет ходить. Брызгать спреем-отпугивателем необязательно, хотя тоже вкупе можно.

Кстати, что у вас за наполнители? Напишите и про новый, и про старый - как называются, и какой тип (древесный, глиняные, бентонитовый, силикагель)...