наиболее частая прчина гибели молодняка с/х кроликов - эймериоз (кокцидиоз).
вы не дали описания клинки - по-этому предположить ничего не могу.
в любом случае, при массовом падеже необходимо проводить вскрытие погибших животных (местная вет лаборатория).