В середине беременности самца отсаживают. 

В период беременности самка должна находиться в спокойной обстановке. Можно содержать совместно, если размер клетки позволяет, двух беременных самок. Самец будет бепокоить самку, которая хочет покоя и отлежаться,  набраться сил. В период родов самец может бегать по малышам, может повторно повязать самку. 

Каким образом? Таким, в период беременности самка восприимчива к различным стрессам.  Самец в клетке - стресс для беременной самки. Беременной самке морской свинки в избежание проблем с вынашиванием и здоровьем нужен покой, сбалансированное питание, надлежащие условия содержания.