Черные пятна иногда возникают как аллергическая реакция на не очень качественный корм или лекарство. При удалении аллергена, пятна проходят. Также частичная чёрная пигментация может быть частью природной окраски рыб (напр. в роду были телескопы) и проявляться не сразу, а со временем. Проверьте условия кормления и лечения (если проводилось), возможно причина в этом. 

Чешуя может отходить часто по простой причине: в аквариуме есть элементы декора с острыми краями о которые рыба травмируется. Если такие есть, их лучше заменить на более безопасные.

В то же время, если у рыбы Вы наблюдаете ерошение (выпирание) чешуи, это явный симптом заболевания. 

Всего наилучшего!